;; Modified by alh on Thu Jun 27 12:31:32 1996
;; Modified by alh on Thu Jun 27 11:55:38 1996
;; Modified by sej on Thu Jun 20 08:50:07 1996
;; Modified by sej on Wed Jun 19 13:31:47 1996
;; Modified by alh on Tue Aug 22 13:56:42 1995
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
HPV11
CTTAATAACAATCTTAGTTTAAAAAAGAGGAGGGACCGAAAACGGTTCAACCGAAAACGGTTATATATAA
ACCAGCCCAAAAAATTAGCAGACGAGGCATTATGGAAAGTAAAGATGCCTCCACGTCTGCAACATCTATA
GACCAGTTGTGCAAGACGTTTAATCTTTCTTTGCACACTCTGCAAATTCAGTGCGTGTTTTGCAGGAATG
CACTGACCACCGCAGAGATATATGCATATGCCTATAAGAACCTAAAGGTTGTGTGGCGAGACAACTTTCC
CTTTGCAGCGTGTGCCTGTTGCTTAGAACTGCAAGGGAAAATTAACCAATATAGACACTTTAATTATGCT
GCATATGCACCTACAGTAGAAGAAGAAACCAATGAAGATATTTTAAAAGTGTTAATTCGTTGTTACCTGT
GTCACAAGCCGTTGTGTGAAATAGAAAAACTAAAGCACATATTGGGAAAGGCACGCTTCATAAAACTAAA
TAACCAGTGGAAGGGTCGTTGCTTACACTGCTGGACAACATGCATGGAAGACTTGTTACCCTAAAGGATA
TAGTACTAGACCTGCAGCCTCCTGACCCTGTAGGGTTACATTGCTATGAGCAATTAGAAGACAGCTCAGA
AGATGAGGTGGACAAGGTGGACAAACAAGACGCACAACCTTTAACACAACATTACCAAATACTGACCTGT
TGCTGTGGATGTGACAGCAACGTCCGACTGGTTGTGGAGTGCACAGACGGAGACATCAGACAACTACAAG
ACCTTTTGCTGGGCACACTAAATATTGTGTGTCCCATCTGCGCACCAAAACCATAACAAGGATGGCGGAC
GATTCAGGTACAGAAAATGAGGGGTCGGGGTGTACAGGATGGTTTATGGTAGAAGCCATAGTAGAGCACA
CTACAGGTACACAAATATCAGAAGATGAGGAAGAGGAGGTGGAGGACAGTGGGTATGACATGGTGGACTT
TATTGATGACAGGCATATTACACAAAATTCTGTGGAAGCACAGGCATTGTTTAATAGGCAGGAGGCGGAT
GCTCATTATGCGACTGTGCAGGACCTAAAACGAAAGTATTTAGGCAGTCCATATGTAAGTCCTATAAGCA
ATGTAGCTAATGCAGTAGAAAGTGAGATAAGTCCACGGTTAGACGCCATTAAACTTACAACACAGCCAAA
AAAGGTAAAGCGACGGCTGTTTGAAACACGGGAATTAACGGACAGTGGATATGGCTATTCTGAAGTGGAA
GCTGCAACGCAGGTAGAGAAACATGGCGACCCGGAAAATGGGGGAGATGGTCAGGAAAGGGACACAGGGA
GGGACATAGAGGGTGAGGGGGTGGAACATAGAGAGGCGGAAGCAGTAGACGACAGCACCCGAGAGCATGC
AGACACATCAGGAATATTAGAATTACTAAAATGTAAGGATATACGATCTACATTACATGGTAAGTTTAAA
GACTGCTTTGGGCTGTCATTTGTTGATTTAATTAGGCCATTTAAAAGTGATAGAACCACATGTGCCGATT
GGGTGGTTGCAGGATTTGGTATACATCATAGCATAGCAGATGCATTTCAAAAGTTAATTGAGCCATTAAG
TTTATATGCACATATACAATGGCTTACAAATGCATGGGGAATGGTACTATTAGTATTAATAAGGTTTAAA
GTAAATAAGAGCAGATGTACCGTGGCACGTACATTAGGTACGTTATTAAATATACCTGAAAATCACATGT
TAATTGAGCCTCCTAAAATACAAAGTGGCGTACGAGCCCTGTATTGGTTTAGGACAGGCATTTCAAATGC
AAGTACAGTTATAGGGGAGGCGCCGGAATGGATAACGCGCCAGACCGTTATTGAACATAGTTTGGCTGAC
AGTCAATTTAAATTAACTGAAATGGTGCAGTGGGCATATGATAATGATATTTGTGAAGAAAGTGAGATAG
CATTTGAATATGCACAGCGTGGAGACTTTGACTCCAATGCAAGGGCCTTTTTAAATAGTAATATGCAGGC
TAAATATGTAAAAGATTGTGCAATTATGTGCAGACATTATAAACATGCAGAAATGAAAAAGATGTCTATT
AAACAATGGATTAAGTATAGGGGTACTAAAGTTGACAGTGTAGGTAACTGGAAGCCAATTGTGCAGTTTC
TAAGACATCAAAACATAGAATTTATTCCATTTTTAAGCAAACTAAAATTATGGCTGCACGGAACGCCCAA
AAAAAATTGTATAGCCATTGTAGGGCCACCTGACACTGGGAAGTCGTGCTTTTGCATGAGTTTAATTAAG
TTTTTGGGGGGAACAGTTATTAGTTATGTTAATTCCTGCAGCCATTTCTGGCTACAGCCACTAACGGATG
CAAAAGTGGCATTATTGGATGATGCCACACAACCATGTTGGACATATATGGATACATATATGAGAAACCT
ATTAGATGGTAATCCTATGAGCATAGATAGAAAACATAGAGCATTAACATTAATTAAGTGTCCACCGCTA
CTGGTTACATCAAATATAGACATTAGCAAAGAGGAGAAATACAAATATTTACATAGTAGAGTTACCACAT
TTACATTTCCAAATCCATTCCCCTTTGACAGAAATGGGAATGCAGTATATGAACTATCAGATGCAAACTG
GAAATGTTTCTTTGAAAGACTGTCGTCCAGCCTAGACATTGAGGATTCAGAGGACGAGGAAGATGGAAGC
AATAGCCAAGCGTTTAGATGCGTGCCAGGATCAGTTGTTAGAACTTTATGAAGAAAACAGTATTGATATA
CACAAACACATTATGCATTGGAAATGCATACGATTGGAAAGTGTATTACTACACAAAGCAAAACAAATGG
GCCTGAGCCACATCGGGTTACAAGTAGTACCACCATTAACTGTGTCAGAGACTAAAGGACATAATGCTAT
TGAAATGCAAATGCATTTAGAATCCTTAGCAAAAACTCAGTATGGTGTGGAACCTTGGACATTACAGGAC
ACCAGTTATGAAATGTGGCTAACACCACCCAAACGGTGCTTTAAAAAACAGGGAAATACTGTGGAGGTAA
AATTTGATGGCTGTGAAGACAATGTAATGGAGTATGTGGTATGGACACATATATACCTGCAGGACAACGA
CTCATGGGTAAAAGTAACTAGTTCCGTAGATGCCAAGGGCATATATTATACATGTGGACAATTTAAAACA
TATTATGTAAATTTTAATAAAGAGGCACAAAAGTATGGTAGTACCAATCATTGGGAAGTATGTTATGGCA
GCACAGTTATATGTTCTCCTGCATCTGTATCTAGCACTGTACGAGAAGTATCCATTGCTGAACCTACTAC
ATACACCCCCGCACAGACCACCGCCCCTACAGTGTCCGCCTGCACCACGGAAGACGGCGTGTCGGCGCCG
CCTAGGAAGCGAGCACGTGGACCGTCCACTAACAACACCCTGTGTGTGGCCAACATCAGATCCGTGGACA
GTACAATCAACAACATCGTCACTGACAATTACAACAAGCACCAAAGAAGGAACAACTGTCACAGTGCAGC
TACGCCTATAGTGCAACTGCAAGGTGATTCCAATTGTTTAAAATGTTTTAGATATAGACTGAATGACAAA
TATAAACATTTGTTTGAATTAGCATCTTCAACGTGGCATTGGGCCTCACCTGAGGCACCACATAAAAATG
CAATTGTAACATTAACATATAGCAGTGAGGAACAACGTCAGCAATTTTTAAACAGTGTAAAAATACCACC
CACCATTAGGCATAAGGTGGGGTTTATGTCATTACATTTATTGTAACCATTACACCTGTATATATGTATA
TGTGTACATAACATACGTGTATGGAGGTAGTGCCTGTACAAATTGCTGCAGCAACAACTACAACATTGAT
ATTGCCTGTTGTTATTGCATTTGCAGTATGTATTCTTAGTATTGTACTTATAATATTAATATCTGATTTT
GTAGTATATACATCTGTGCTGGTACTAACACTTCTTTTATATTTGCTTTTGTGGCTTTTATTAACAACCC
CTTTGCAATTCTTTTTACTAACACTGTGTGTGTGCTATTTTCCTGCCTTTTATATACACATATACATTGT
GCAAACGCAACAATAATGGTGATGTTAACCTGTCACTTAAATGATGGTGATACATGGTTGTTTCTGTGGT
TGTTTACTGCATTTGTTGTAGCTGTACTTGGATTGTTGTTACTACATTACAGGGCTGTACATGGTACTGA
AAAAACTAAATGTGCTAAGTGTAAATCAAACCGCAATACTACTGTGGATTATGTGTATATGTCACATGGT
GATAATGGAGATTATGTGTACATGAACTAGAGTAAACCTTTTTTATACAGTGTGTGGTGTACGTTAGTTA
TATATAATGAAACCTAGGGCACGCAGACGTAAACGTGCGTCAGCCACACAACTATATCAAACATGCAAGG
CCACTGGTACATGTCCCCCAGATGTAATTCCTAAAGTTGAACATACTACTATTGCAGATCAAATATTAAA
ATGGGGAAGCTTAGGGGTTTTTTTTGGTGGGTTAGGTATTGGTACAGGGGCTGGTAGTGGCGGTCGTGCA
GGGTATATACCCTTGGGAAGCTCTCCCAAGCCTGCTATTACTGGGGGGCCAGCAGCACGTCCGCCAGTGC
TTGTGGAGCCTGTTGCCCCTTCCGATCCCTCCATTGTGTCCTTAATTGAGGAGTCTGCTATTATTAATGC
TGGTGCACCTGAGGTGGTACCCCCTACACAGGGTGGCTTTACTATAACATCATCTGAATCGACTACACCT
GCTATTTTAGATGTGTCTGTTACCAATCACACTACCACTAGTGTGTTTCAAAATCCCCTGTTTACAGAAC
CGTCTGTAATACAGCCCCAACCACCTGTGGAGGCCAGTGGTCACATACTTATATCTGCCCCAACAATAAC
ATCCCAACATGTAGAAGACATTCCACTAGACACTTTTGTTGTATCCTCTAGTGATAGTGGACCTACATCC
AGTACTCCTCTTCCTCGTGCTTTTCCTCGGCCTCGGGTGGGTTTGTATAGTCGTGCCTTACAGCAGGTAC
AGGTTACGGACCCCGCGTTTTTGTCCACGCCACAGCGATTGGTAACTTATGACAACCCTGTCTATGAAGG
AGAAGATGTAAGTTTACAATTTACCCATGAGTCTATCCACAATGCACCTGATGAAGCATTTATGGATATT
ATTAGACTACATAGACCAGCTATAACGTCCAGACGGGGTCTTGTGCGTTTTAGTCGCATTGGGCAACGGG
GGTCCATGTACACACGCAGTGGACAACATATAGGTGCCCGCATACATTATTTTCAGGACATTTCACCAGT
TACACAAGCTGCAGAGGAAATAGAACTGCACCCTCTAGTGGCTGCAGAAAATGACACGTTTGATATTTAT
GCTGAACCATTTGACCCTATCCCTGACCCTGTCCAACATTCTGTTACACAGTCTTATCTTACCTCCACAC
CTAATACCCTTTCACAATCGTGGGGTAATACCACAGTCCCATTGTCAATCCCTAGTGACTGGTTTGTGCA
GTCTGGGCCTGACATAACTTTTCCTACTGCATCTATGGGAACACCCTTTAGTCCTGTAACTCCTGCTTTA
CCTACAGGCCCTGTTTTTATTACAGGTTCTGACTTCTATTTGCATCCTACATGGTACTTTGCACGCAGAC
GCCGTAAACGTATTCCCTTATTTTTTACAGATGTGGCGGCCTAGCGACAGCACAGTATATGTGCCTCCTC
CCAACCCTGTATCCAAGGTTGTTGCCACGGATGCGTATGTTAAACGCACCAACATATTTTATCATGCCAG
CAGTTCTAGACTCCTTGCTGTGGGACATCCATATTACTCTATCAAAAAAGTTAACAAAACAGTTGTACCA
AAGGTGTCTGGATATCAATATAGAGTGTTTAAGGTAGTGTTGCCAGATCCTAACAAGTTTGCATTACCTG
ATTCATCCCTGTTTGACCCCACTACACAGCGTTTAGTATGGGCGTGCACAGGGTTGGAGGTAGGCAGGGG
TCAACCTTTAGGCGTTGGTGTTAGTGGGCATCCATTGCTAAACAAATATGATGATGTAGAAAATAGTGGT
GGGTATGGTGGTAATCCTGGTCAGGATAATAGGGTTAATGTAGGTATGGATTATAAACAAACCCAGCTAT
GTATGGTGGGCTGTGCTCCACCGTTAGGTGAACATTGGGGTAAGGGTACACAATGTTCAAATACCTCTGT
ACAAAATGGTGACTGCCCCCCGTTGGAACTTATTACCAGTGTTATACAGGATGGGGACATGGTTGATACA
GGCTTTGGTGCTATGAATTTTGCAGACTTACAAACCAATAAATCGGATGTTCCCCTTGATATTTGTGGAA
CTGTCTGCAAATATCCTGATTATTTGCAAATGGCTGCAGACCCTTATGGTGATAGGTTGTTTTTTTATTT
GCGAAAGGAACAAATGTTTGCTAGACACTTTTTTAATAGGGCCGGTACTGTGGGGGAACCTGTGCCTGAT
GACCTGTTGGTAAAAGGGGGTAATAACAGATCATCTGTAGCTAGTAGTATTTATGTACATACACCTAGTG
GCTCATTGGTGTCTTCAGAGGCTCAATTATTTAATAAACCATATTGGCTTCAAAAGGCTCAGGGACATAA
CAATGGTATTTGCTGGGGAAACCACTTGTTTGTTACTGTGGTAGATACCACACGCAGTACAAATATGACA
CTATGTGCATCTGTGTCTAAATCTGCTACATACACTAATTCAGATTATAAGGAATACATGCGCCATGTGG
AGGAGTTTGATTTACAGTTTATTTTTCAATTGTGTAGCATTACATTATCTGCAGAAGTCATGGCCTATAT
ACACACAATGAATCCTTCTGTTTTGGAGGACTGGAACTTTGGTTTATCGCCTCCACCAAATGGTACACTG
GAGGATACTTATAGATATGTACAGTCACAGGCCATTACCTGTCAGAAACCCACACCTGAAAAAGAAAAAC
AGGATCCCTATAAGGATATGAGTTTTTGGGAGGTTAACTTAAAAGAAAAGTTTTCAAGTGAATTAGATCA
GTTTCCCCTTGGACGTAAGTTTTTATTGCAAAGTGGATATCGAGGACGGACGTCTGCTCGTACAGGTATA
AAGCGCCCAGCTGTGTCTAAGCCCTCTACAGCCCCCAAACGAAAACGTACCAAAACCAAAAAGTAATATA
TGTGTGTCAGTGTGTTGTGTTATTTATATGTTGTTGTAGTGTGTATATGTTTCTTGTATTGTGTATATGT
GTATATGTTTGTGTATATGTGTATGTTATGTATGTTATGTTGTTATGTATGTTTGTGTGTTTAGTGTGTG
TATATATTTGTGGAATGTGTATGTATGTTTTTGTGCAATAAACAATTATTATGTGTGTCCTGTTACACCC
AGTGACTAAGTTGTGTTTTGCACGCGCCGTTTGTGTTGCCTTCATATTATATTATATATATTTGTAATAT
ACCTATACTATGTTACCCCCCCCC--ACTTGCAACCGTTTTCGGTTGCCCTTACATACACTTACCTCAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGTACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCTTGCCAACAACACACCTGGC--CAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAAGGTCACACACCTGCAACCGGTTTCGGTTACCCACACCCTACATATTTCCTTCTTATA
; Created in MASE on Thu May 23 12:52:22 1996
;    By:  adf
; Copied from locus HPV11
; TRANSLATED
; Amino Acid Sequence
;; Modified by alh on Tue Aug 22 13:56:42 1995
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
HPV11
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
*************************************************************_M__A__D_
_D__S__G__T__E__N__E__G__S__G__C__T__G__W__F__M__V__E__A__I__V__E__H__
T__T__G__T__Q__I__S__E__D__E__E__E__E__V__E__D__S__G__Y__D__M__V__D__F
__I__D__D__R__H__I__T__Q__N__S__V__E__A__Q__A__L__F__N__R__Q__E__A__D_
_A__H__Y__A__T__V__Q__D__L__K__R__K__Y__L__G__S__P__Y__V__S__P__I__S__
N__V__A__N__A__V__E__S__E__I__S__P__R__L__D__A__I__K__L__T__T__Q__P__K
__K__V__K__R__R__L__F__E__T__R__E__L__T__D__S__G__Y__G__Y__S__E__V__E_
_A__A__T__Q__V__E__K__H__G__D__P__E__N__G__G__D__G__Q__E__R__D__T__G__
R__D__I__E__G__E__G__V__E__H__R__E__A__E__A__V__D__D__S__T__R__E__H__A
__D__T__S__G__I__L__E__L__L__K__C__K__D__I__R__S__T__L__H__G__K__F__K_
_D__C__F__G__L__S__F__V__D__L__I__R__P__F__K__S__D__R__T__T__C__A__D__
W__V__V__A__G__F__G__I__H__H__S__I__A__D__A__F__Q__K__L__I__E__P__L__S
__L__Y__A__H__I__Q__W__L__T__N__A__W__G__M__V__L__L__V__L__I__R__F__K_
_V__N__K__S__R__C__T__V__A__R__T__L__G__T__L__L__N__I__P__E__N__H__M__
L__I__E__P__P__K__I__Q__S__G__V__R__A__L__Y__W__F__R__T__G__I__S__N__A
__S__T__V__I__G__E__A__P__E__W__I__T__R__Q__T__V__I__E__H__S__L__A__D_
_S__Q__F__K__L__T__E__M__V__Q__W__A__Y__D__N__D__I__C__E__E__S__E__I__
A__F__E__Y__A__Q__R__G__D__F__D__S__N__A__R__A__F__L__N__S__N__M__Q__A
__K__Y__V__K__D__C__A__I__M__C__R__H__Y__K__H__A__E__M__K__K__M__S__I_
_K__Q__W__I__K__Y__R__G__T__K__V__D__S__V__G__N__W__K__P__I__V__Q__F__
L__R__H__Q__N__I__E__F__I__P__F__L__S__K__L__K__L__W__L__H__G__T__P__K
__K__N__C__I__A__I__V__G__P__P__D__T__G__K__S__C__F__C__M__S__L__I__K_
_F__L__G__G__T__V__I__S__Y__V__N__S__C__S__H__F__W__L__Q__P__L__T__D__
A__K__V__A__L__L__D__D__A__T__Q__P__C__W__T__Y__M__D__T__Y__M__R__N__L
__L__D__G__N__P__M__S__I__D__R__K__H__R__A__L__T__L__I__K__C__P__P__L_
_L__V__T__S__N__I__D__I__S__K__E__E__K__Y__K__Y__L__H__S__R__V__T__T__
F__T__F__P__N__P__F__P__F__D__R__N__G__N__A__V__Y__E__L__S__D__A__N__W
__K__C__F__F__E__R__L__S__S__S__L__D__I__E__D__S__E__D__E__E__D__G__S_
_N__S__Q__A__F__R__C__V__P__G__S__V__V__R__T__L__$_*******************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
********************_M__E__V__V__P__V__Q__I__A__A__A__T__T__T__T__L__I
__L__P__V__V__I__A__F__A__V__C__I__L__S__I__V__L__I__I__L__I__S__D__F_
_V__V__Y__T__S__V__L__V__L__T__L__L__L__Y__L__L__L__W__L__L__L__T__T__
P__L__Q__F__F__L__L__T__L__C__V__C__Y__F__P__A__F__Y__I__H__I__Y__I__V
__Q__T__Q__Q__$_******************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******_M__K__P__R__A__R__R__R__K__R__A__S__A__T__Q__L__Y__Q__T__C__K__
A__T__G__T__C__P__P__D__V__I__P__K__V__E__H__T__T__I__A__D__Q__I__L__K
__W__G__S__L__G__V__F__F__G__G__L__G__I__G__T__G__A__G__S__G__G__R__A_
_G__Y__I__P__L__G__S__S__P__K__P__A__I__T__G__G__P__A__A__R__P__P__V__
L__V__E__P__V__A__P__S__D__P__S__I__V__S__L__I__E__E__S__A__I__I__N__A
__G__A__P__E__V__V__P__P__T__Q__G__G__F__T__I__T__S__S__E__S__T__T__P_
_A__I__L__D__V__S__V__T__N__H__T__T__T__S__V__F__Q__N__P__L__F__T__E__
P__S__V__I__Q__P__Q__P__P__V__E__A__S__G__H__I__L__I__S__A__P__T__I__T
__S__Q__H__V__E__D__I__P__L__D__T__F__V__V__S__S__S__D__S__G__P__T__S_
_S__T__P__L__P__R__A__F__P__R__P__R__V__G__L__Y__S__R__A__L__Q__Q__V__
Q__V__T__D__P__A__F__L__S__T__P__Q__R__L__V__T__Y__D__N__P__V__Y__E__G
__E__D__V__S__L__Q__F__T__H__E__S__I__H__N__A__P__D__E__A__F__M__D__I_
_I__R__L__H__R__P__A__I__T__S__R__R__G__L__V__R__F__S__R__I__G__Q__R__
G__S__M__Y__T__R__S__G__Q__H__I__G__A__R__I__H__Y__F__Q__D__I__S__P__V
__T__Q__A__A__E__E__I__E__L__H__P__L__V__A__A__E__N__D__T__F__D__I__Y_
_A__E__P__F__D__P__I__P__D__P__V__Q__H__S__V__T__Q__S__Y__L__T__S__T__
P__N__T__L__S__Q__S__W__G__N__T__T__V__P__L__S__I__P__S__D__W__F__V__Q
__S__G__P__D__I__T__F__P__T__A__S__M__G__T__P__F__S__P__V__T__P__A__L_
_P__T__G__P__V__F__I__T__G__S__D__F__Y__L__H__P__T__W__Y__F__A__R__R__
R__R__K__R__I__P__L__F__F__T__D__V__A__A__$_**************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
****************************************************************
; Created in MASE on Thu May 23 12:52:22 1996
;    By:  adf
; Copied from locus HPV11
; TRANSLATED
; Amino Acid Sequence
;; Modified by alh on Tue Aug 22 13:56:42 1995
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
HPV11
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
***************************************_M__H__G__R__L__V__T__L__K__D__
I__V__L__D__L__Q__P__P__D__P__V__G__L__H__C__Y__E__Q__L__E__D__S__S__E
__D__E__V__D__K__V__D__K__Q__D__A__Q__P__L__T__Q__H__Y__Q__I__L__T__C_
_C__C__G__C__D__S__N__V__R__L__V__V__E__C__T__D__G__D__I__R__Q__L__Q__
D__L__L__L__G__T__L__N__I__V__C__P__I__C__A__P__K__P__$_**************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**************************************************************_M__E__A
__I__A__K__R__L__D__A__C__Q__D__Q__L__L__E__L__Y__E__E__N__S__I__D__I_
_H__K__H__I__M__H__W__K__C__I__R__L__E__S__V__L__L__H__K__A__K__Q__M__
G__L__S__H__I__G__L__Q__V__V__P__P__L__T__V__S__E__T__K__G__H__N__A__I
__E__M__Q__M__H__L__E__S__L__A__K__T__Q__Y__G__V__E__P__W__T__L__Q__D_
_T__S__Y__E__M__W__L__T__P__P__K__R__C__F__K__K__Q__G__N__T__V__E__V__
K__F__D__G__C__E__D__N__V__M__E__Y__V__V__W__T__H__I__Y__L__Q__D__N__D
__S__W__V__K__V__T__S__S__V__D__A__K__G__I__Y__Y__T__C__G__Q__F__K__T_
_Y__Y__V__N__F__N__K__E__A__Q__K__Y__G__S__T__N__H__W__E__V__C__Y__G__
S__T__V__I__C__S__P__A__S__V__S__S__T__V__R__E__V__S__I__A__E__P__T__T
__Y__T__P__A__Q__T__T__A__P__T__V__S__A__C__T__T__E__D__G__V__S__A__P_
_P__R__K__R__A__R__G__P__S__T__N__N__T__L__C__V__A__N__I__R__S__V__D__
S__T__I__N__N__I__V__T__D__N__Y__N__K__H__Q__R__R__N__N__C__H__S__A__A
__T__P__I__V__Q__L__Q__G__D__S__N__C__L__K__C__F__R__Y__R__L__N__D__K_
_Y__K__H__L__F__E__L__A__S__S__T__W__H__W__A__S__P__E__A__P__H__K__N__
A__I__V__T__L__T__Y__S__S__E__E__Q__R__Q__Q__F__L__N__S__V__K__I__P__P
__T__I__R__H__K__V__G__F__M__S__L__H__L__L__$_************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******************************_M__W__R__P__S__D__S__T__V__Y__V__P__P__
P__N__P__V__S__K__V__V__A__T__D__A__Y__V__K__R__T__N__I__F__Y__H__A__S
__S__S__R__L__L__A__V__G__H__P__Y__Y__S__I__K__K__V__N__K__T__V__V__P_
_K__V__S__G__Y__Q__Y__R__V__F__K__V__V__L__P__D__P__N__K__F__A__L__P__
D__S__S__L__F__D__P__T__T__Q__R__L__V__W__A__C__T__G__L__E__V__G__R__G
__Q__P__L__G__V__G__V__S__G__H__P__L__L__N__K__Y__D__D__V__E__N__S__G_
_G__Y__G__G__N__P__G__Q__D__N__R__V__N__V__G__M__D__Y__K__Q__T__Q__L__
C__M__V__G__C__A__P__P__L__G__E__H__W__G__K__G__T__Q__C__S__N__T__S__V
__Q__N__G__D__C__P__P__L__E__L__I__T__S__V__I__Q__D__G__D__M__V__D__T_
_G__F__G__A__M__N__F__A__D__L__Q__T__N__K__S__D__V__P__L__D__I__C__G__
T__V__C__K__Y__P__D__Y__L__Q__M__A__A__D__P__Y__G__D__R__L__F__F__Y__L
__R__K__E__Q__M__F__A__R__H__F__F__N__R__A__G__T__V__G__E__P__V__P__D_
_D__L__L__V__K__G__G__N__N__R__S__S__V__A__S__S__I__Y__V__H__T__P__S__
G__S__L__V__S__S__E__A__Q__L__F__N__K__P__Y__W__L__Q__K__A__Q__G__H__N
__N__G__I__C__W__G__N__H__L__F__V__T__V__V__D__T__T__R__S__T__N__M__T_
_L__C__A__S__V__S__K__S__A__T__Y__T__N__S__D__Y__K__E__Y__M__R__H__V__
E__E__F__D__L__Q__F__I__F__Q__L__C__S__I__T__L__S__A__E__V__M__A__Y__I
__H__T__M__N__P__S__V__L__E__D__W__N__F__G__L__S__P__P__P__N__G__T__L_
_E__D__T__Y__R__Y__V__Q__S__Q__A__I__T__C__Q__K__P__T__P__E__K__E__K__
Q__D__P__Y__K__D__M__S__F__W__E__V__N__L__K__E__K__F__S__S__E__L__D__Q
__F__P__L__G__R__K__F__L__L__Q__S__G__Y__R__G__R__T__S__A__R__T__G__I_
_K__R__P__A__V__S__K__P__S__T__A__P__K__R__K__R__T__K__T__K__K__$_****
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
****************************************************************
; Created in MASE on Thu May 23 12:52:22 1996
;    By:  adf
; Copied from locus HPV11
; TRANSLATED
; Amino Acid Sequence
;; Modified by alh on Tue Aug 22 13:56:42 1995
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
HPV11
**********************************************************************
*******************************_M__E__S__K__D__A__S__T__S__A__T__S__I_
_D__Q__L__C__K__T__F__N__L__S__L__H__T__L__Q__I__Q__C__V__F__C__R__N__
A__L__T__T__A__E__I__Y__A__Y__A__Y__K__N__L__K__V__V__W__R__D__N__F__P
__F__A__A__C__A__C__C__L__E__L__Q__G__K__I__N__Q__Y__R__H__F__N__Y__A_
_A__Y__A__P__T__V__E__E__E__T__N__E__D__I__L__K__V__L__I__R__C__Y__L__
C__H__K__P__L__C__E__I__E__K__L__K__H__I__L__G__K__A__R__F__I__K__L__N
__N__Q__W__K__G__R__C__L__H__C__W__T__T__C__M__E__D__L__L__P__$_******
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************_M__V__V__P__I__I__G__K__Y__V__M__A_
_A__Q__L__Y__V__L__L__H__L__Y__L__A__L__Y__E__K__Y__P__L__L__N__L__L__
H__T__P__P__H__R__P__P__P__L__Q__C__P__P__A__P__R__K__T__A__C__R__R__R
__L__G__S__E__H__V__D__R__P__L__T__T__P__C__V__W__P__T__S__D__P__W__T_
_V__Q__S__T__T__S__S__L__T__I__T__T__S__T__K__E__G__T__T__V__T__V__Q__
L__R__L__$_***********************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
***************_M__V__M__L__T__C__H__L__N__D__G__D__T__W__L__F__L__W__
L__F__T__A__F__V__V__A__V__L__G__L__L__L__L__H__Y__R__A__V__H__G__T__E
__K__T__K__C__A__K__C__K__S__N__R__N__T__T__V__D__Y__V__Y__M__S__H__G_
_D__N__G__D__Y__V__Y__M__N__$_****************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
****************************************************************
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
B11-7
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******************************************************************CAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGTACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCTTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTCTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAA*********************************************************
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
B11-15D2
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******************************************************************CAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGTACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATCGTCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCTTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAA*********************************************************
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
G11-79
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******************************************************************CAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGTACTAATCCCATATGTTGTATGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCCTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAA*********************************************************
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
HPV11P
CTTAATAACAATCTTAGTTTAAAAAAGAGGAGGGACCGAAAACGGTTCAACCGAAAACGGTTATATATAA
ACCAGCCCAAAAAATTAGCAGACGAGGCATTATGGAAAGTAAAGATGCCTCCACGTCTGCAACATCCATA
GACCAGTTGTGCAAGACGTTTAATCTTTCTTTGCACACTCTGCAACTTCAGTGCGTGTTTTGCAGGAATG
CACTGACCACCGCAGAGATATATGCATATGCCTATAAGAACCTAAAGGTTGTGTGGCGAGACAACTTTCC
CTTTGCAGCGTGTGCCTGTTGCTTAGAACTGCAAGGGAAAATTAACCAATATAGACACTTTAATTATGCT
GCATATGCACCTACAGTAGAAGAAGAAACTAATGAAGATATTTTAAAAGTGTTAATTCGTTGTTACCTGT
GTCACAAGCCATTGTGTGAAATAGAAAAACTAAAGCACATATTGGAAAAGGCACGCTTCATAAAACTAAA
TAACCAGTGGAAGGGTCGTTGCTTACACTGCTGGACAACATGCATGGAAGACTTGTTACCCTAAAGGATA
TAGTACTAGACCTGCAGCCTCCTGACCCTGTAGGGTTACATTGCTATGAGCAATTAGAAGACAGCTCAGA
AGATGAGGTGGACAAGGTGGACAAACAAGACTCACAACCTTTAACACAACATTACCAAATACTGACCTGT
TGCTGTGGATGTGACAGCAACGTCCGACTGGTTGTGGAGTGCACAGACGGAGACATCAGACAACTACAAG
ACCTTTTGCTGGGCACACTAAATATTGTGTGTCCCATCTGCGCACCAAAACCATAACAAGGATGGCGGAC
GATTCAGGTACAGAAAATGAGGGGTCGGGGTGTACAGGATGGTTTATGGTAGAAGCCATAGTAGAGCACA
CTACAGGTACACAAATATCAGAAGATGAGGAAGAGGAGGTGGAGGACAGTGGGTATGACATGGTGGACTT
TATTGATGACAGGCATATTACACAAAATTCTGTGGAAGCACAGGCATTGTTTAATAGGCAGGAGGCGGAT
GCTCATTATGCGACTGTGCAGGACCTAAAACGAAAGTATTTAGGCAGTCCATATGTAAGTCCTATAAGCA
ATGTAGCTAATGCAGTAGAAAGTGAGATAAGTCCACGGTTAGACGCCATTAAACTTACAACACAGCCAAA
AAAGGTAAAGCGACGGCTGTTTGAAACACGGGAATTAACGGACAGTGGATATGGCTATTCTGAAGTGGAA
GCTGCAACGCAGGTAGAGAAACATGGCGACCCGGAAAATGGGGGAGATGGTCAGGAAAGGGACACAGGGA
GGGACATAGAGGGTGAGGGGGTGGAACATAGAGAGGCGGAAGCAGTAGACGACAGCACCCGAGAGCATGC
AGACACATCAGGAATATTAGAATTACTAAAATGTAAGGATATACGATCTACATTACATGGTAAGTTTAAA
GACTGCTTTGGGCTGTCATTTGTTGATTTAATTAGGCCATTTAAAAGTGATAGAACCACATGTGCCGATT
GGGTGGTTGCAGGATTTGGTATACATCATAGCATAGCAGATGCATTTCAAAAGTTAATTGAGCCATTAAG
TTTATATGCACATATACAATGGCTTACAAATGCATGGGGAATGGTACTATTAGTATTAATAAGGTTTAAA
GTAAATAAGAGCAGATGTACCGTGGCACGTACATTAGGTACGTTATTAAATATACCTGAAAATCACATGT
TAATTGAGCCTCCTAAAATACAAAGTGGCGTAGCAGCCCTGTATTGGTTTAGGACAGGCATTTCAAATGC
AAGTACAGTTATAGGGGAGGCGCCGGAATGGATAACGCGCCAGACCGTTATTGAACATAGTTTGGCTGAC
AGTCAATTTAAATTAACTGAAATGGTGCAGTGGGCATATGATAATGATATTTGTGAAGAAAGTGAGATAG
CATTTGAATATGCACAGCGTGGAGACTTTGACTCCAATGCAAGGGCCTTTTTAAATAGTAATATGCAGGC
TAAATATGTAAAAGATTGTGCAATTATGTGCAGACATTATAAACATGCAGAAATGAAAAAGATGTCTATT
AAACAATGGATTAAGTATAGGGGTACTAAAGTTGACAGTGTAGGTAACTGGAAGCCAATTGTGCAGTTTC
TAAGACATCAAAACATAGAATTTATTCCATTTTTAAGCAAACTAAAATTATGGCTGCACGGAACGCCCAA
AAAAAATTGTATAGCCATTGTAGGGCCACCTGACACTGGGAAGTCGTGCTTTTGCATGAGTTTAATTAAG
TTTTTGGGGGGAACAGTTATTAGTTATGTTAATTCCTGCAGCCATTTCTGGCTACAGCCACTAACGGATG
CAAAAGTGGCATTATTGGATGATGCCACACAACCATGTTGGACATATATGGATACATATATGAGAAACCT
ATTAGATGGTAATCCTATGAGCATAGATAGAAAACATAGAGCATTAACATTAATTAAGTGTCCACCGCTA
CTGGTTACATCAAATATAGACATTAGCAAAGAGGAGAAATACAAATATTTACATAGTAGAGTTACCACAT
TTACATTTCCAAATCCATTCCCCTTTGACAGAAATGGGAATGCAGTATATGAACTATCAGATGCAAACTG
GAAATGTTTCTTTGAAAGACTGTCGTCCAGCCTAGACATTGAGGATTCAGAGGACGAGGAAGATGGAAGC
AATAGCCAAGCGTTTAGATGCGTGCCAGGATCAGTTGTTAGAACTTTATGAAGAAAACAGTATTGATATA
CACAAACACATTATGCATTGGAAATGCATACGATTGGAAAGTGTATTACTACACAAAGCAAAACAAATGG
GCCTGAGCCACATCGGGTTACAAGTAGTACCACCATTAACTGTGTCAGAGACTAAAGGACATAATGCTAT
TGAAATGCAAATGCATTTAGAATCCTTAGCAAAAACTCAGTATGGTGTGGAACCTTGGACATTACAGGAC
ACCAGTTATGAAATGTGGCTAACACCACCCAAACGGTGCTTTAAAAAACAGGGAAATACTGTGGAGGTAA
AATTTGATGGCTGTGAAGACAATGTAATGGAGTATGTGGTATGGACACATATATACCTGCAGGACAACGA
CTCATGGGTAAAAGTAACTAGTTCCGTAGATGCCAAGGGCATATATTATACATGTGGACAATTTAAAACA
TATTATGTAAATTTTAATAAAGAGGCACAAAAGTATGGTAGTACCAATCATTGGGAAGTATGTTATGGCA
GCACAGTTATATGTTCTCCTGCATCTGTATCTAGCACTGTACGAGAAGTATCCATTGCTGAACCTACTAC
ATACACCCCCGCACAGACCACCGCCCCTACAGTGTCCGCCTGCACCACGGAAGACGGCGTGTCGGCGCCG
CCTAGGAAGCGAGCACGTGGACCGTCCACTAACAACACCCTGTGTGTGGCCAACATTAGATCCGTGGACA
GTACAATCAACAACATCGTCACTGACAATTACAACAAGCACCAAAGAAGGAACAACTGTCACAGTGCAGC
TACGCCTATAGTGCAACTGCAAGGTGATTCCAATTGTTTAAAATGTTTTAGATATAGACTGAATGACAAA
TATAAACATTTGTTTGAATTAGCATCTTCAACGTGGCATTGGGCCTCACCTGAGGCACCACATAAAAATG
CAATTGTAACATTAACATATAGCAGTGAGGAACAACGTCAGCAATTTTTAAACAGTGTAAAAATACCACC
CACCATTAGGCATAAGGTGGGGTTTATGTCATTACATTTATTGTAACCATTACACCTGTATATATGTATA
TGTGTACATAACATACGTGTATGGAGGTAGTGCCTGTACAAATTGCTGCAGCAACAACTACAACATTGAT
ATTGCCTGTTGTTATTGCATTTGCAGTATGTATTCTTAGTATTGTACTTATAATATTAATATCTGATTTT
GTAGTATATACATCTGTGCTGGTACTAACACTTCTTTTATATTTGCTTTTGTGGCTTTTATTAACAACCC
CTTTGCAATTCTTTTTACTAACACTGTGTGTGTGCTATTTTCCTGCCTTTTATATACACATATACATTGT
GCAAACGCAACAATAATGGTGATGTTAACCTGTCACTTAAATGATGGTGATACATGGTTGTTTCTGTGGT
TGTTTACTGCATTTGTTGTAGCTGTACTTGGATTGTTGTTACTACATTACAGGGCTGTACATGGTACTGA
AAAAACTAAATGTGCTAAGTGTAAATCAAACCGCAATACTACTGTGGATTATGTGTATATGTCACATGGT
GATAATGGAGATTATGTGTACATGAACTAGAGTAAACCTTTTTTATACAGTGTGTGGTGTACGTTAGTTA
TATATAATGAAACCTAGGGCACGCAGACGTAAACGTGC********************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
************************************************ACCAAAACCAAAAAGTAATATA
TGTGTGTCAGTGTGTTGTGTTATTTATATGTTGTTGTAGTGTGTATATGTTTCTTGTATTGTGTATATGT
GTATATGTTTGTGTATATGTGTATGTTATGTATGTTATGTTGTTATGTATGTTTGTGTGTTTAGTGTGTG
TATATATTTGTGGAATGTGTATGTATGTTTTTGTGCAATAAACAATTATTATGTGTGTCCTGTTACACCC
AGTGACTAAGTTGTGTTTTGCACGCGCCGTTTGTGTTGCCTTCATATTATATTATATATATTTGTAATAT
ACCTATACTATGTTACCCCCCCCC--ACTTGCAACCGTTTTCGGTTGCCCTTACATACACTTACCTCAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGTACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCTTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAAGGTCACACACCTGCAACCGGTTTCGGTTACCCACACCCTACATATTTCCTTCTTATA
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
HPV11VC
CTTAATAACAATCTTAGTTTAAAAAAGAGGAGGGACCGAAAACGGTTCAACCGAAAACGGTTATATATAA
ACCAGCCCAAAAAATTAGCAGACGAGGCATTATGGAAAGTAAAGATGCCTCCACGTCTGCAACATCCATA
GACCAGTTGTGCAAGACGTTTAATCTTTCTTTGCACACTCTGCAACTTCAGTGCGTGTTTTGCAGGAATG
CACTGACCACCGCAGAGATATATGCATATGCCTATAAGAACCTAAAGGTTGTGTGGCGAGACAACTTTCC
CTTTGCAGCGTGTGCCTGTTGCTTAGAACTGCAAGGGAAAATTAACCAATATAGACACTTTAATTATGCT
GCATATGCACCTACAGTAGAAGAAGAAACTAATGAAGATATTTTAAAAGTGTTAATTCGTTGTTACCTGT
GTCACAAGCCATTGTGTGAAATAGAAAAACTAAAGCACATATTGGAAAAGGCACGCTTCATAAAACTAAA
TAACCAGTGGAAGGGTCGTTGCTTACACTGCTGGACAACATGCATGGAAGACTTGTTACCCTAAAGGATA
TAGTACTAGACCTGCAGCCTCCTGACCCTGTAGGGTTACATTGCTATGAGCAATTAGAAGACAGCTCAGA
AGATGAGGTGGACAAGGTGGACAAACAAGACTCACAACCTTTAACACAACATTACCAAATACTGACCTGT
TGCTGTGGATGTGACAGCAACGTCCGACTGGTTGTGGAGTGCACAGACGGAGACATCAGACAACTACAAG
ACCTTTTGCTGGGCACACTAAATATTGTGTGTCCCATCTGCGCACCAAAACCATAACAAGGATGGCGGAC
GATTCAGGTACAGAAAATGAGGGGTCGGGGTGTACAGGATGGTTTATGGTAGAAGCCATAGTAGAGCACA
CTACAGGTACACAAATATCAGAAGATGAGGAAGAGGAGGTGGAGGACAGTGGGTATGACATGGTGGACTT
TATTGATGACAGGCATATTACACAAAATTCTGTGGAAGCACAGGCATTGTTTAATAGGCAGGAGGCGGAT
GCTCATTATGCGACTGTGCAGGACCTAAAACGAAAGTATTTAGGCAGTCCATATGTAAGTCCTATAAGCA
ATGTAGCTAATGCAGTAGAAAGTGAGATAAGTCCACGGTTAGACGCCATTAAACTTACAACACAGCCAAA
AAAGGTAAAGCGACGGCTGTTTGAAACACGGGAATTAACGGACAGTGGATATGGCTATTCTGAAGTGGAA
GCTGCAACGCAGGTAGAGAAACATGGCGACCCGGAAAATGGGGGAGATGGTGAGGAAAGGGACACAGGGA
GGGACATAGAGGGTGAGGGGGTGGAACATAGAGAGGCGGAAGCAGTAGACGACAGCACCCGAGAGCATGC
AGACACATCAGGAATATTAGAATTACTAAAATGTAAGGATATACGATCTACATTACATGGTAAGTTTAAA
GACTGCTTTGGGCTGTCATTTGTTGATTTAATTAGGCCATTTAAAAGTGATAGAACCACATGTGCCGATT
GGGTGGTTGCAGGATTTGGTATACATCATAGCATAGCAGATGCATTTCAAAAGTTAATTGAGCCATTAAG
TTTATATGCACATATACAATGGCTTACAAATGCATGGGGAATGGTACTATTAGTATTAATAAGGTTTAAA
GTAAATAAGAGCAGATGTACCGTGGCACGTACATTAGGTACGTTATTAAATATACCTGAAAATCACATGT
TAATTGAGCCTCCTAAAATACAAAGTGGCGTAGCAGCCCTGTATTGGTTTAGGACAGGCATTTCAAATGC
AAGTACAGTTATAGGGGAGGCGCCGGAATGGATAACGCGCCAGACCGTTATTGAACATAGTTTGGCTGAC
AGTCAATTTAAATTAACTGAAATGGTGCAGTGGGCATATGATAATGATATTTGTGAAGAAAGTGAGATAG
CATTTGAATATGCACAGCGTGGAGACTTTGACTCCAATGCAAGGGCCTTTTTAAATAGTAATATGCAGGC
TAAATATGTAAAAGATTGTGCAATTATGTGCAGACATTATAAACATGCAGAAATGAAAAAGATGTCTATT
AAACAATGGATTAAGTATAGGGGTACTAAAGTTGACAGTGTAGGTAACTGGAAGCCAATTGTGCAGTTTT
TAAGACATCAAAACATAGAATTTATTCCATTTTTAAGCAAACTAAAATTATGGCTGCACGGAACGCCCAA
AAAAAATTGTATAGCCATTGTAGGGCCACCTGACACTGGGAAGTCGTGCTTTTGCATGAGTTTAATTAAG
TTTTTGGGGGGAACAGTTATTAGTTATGTTAATTCCTGCAGCCATTTCTGGCTACAGCCACTAACGGATG
CAAAAGTGGCATTATTGGATGATGCCACACAACCATGTTGGACATATATGGATACATATATGAGAAACCT
ATTAGATGGTAATCCTATGAGCATAGATAGAAAACATAGAGCATTAACATTAATTAAGTGTCCACCGCTA
CTGGTTACATCAAATATAGACATTAGCAAAGAGGAGAAATACAAATATTTACATAGTAGGGTTACCACAT
TTACATTTCCAAATCCATTCCCCTTTGACAGAAATGGGAATGCAGTATATGAACTATCAGATGCAAACTG
GAAATGTTTCTTTGAAAGACTGTCGTCCAGCCTAGACATTGAGGATTCAGAGGACGAGGAAGATGGAAGC
AATAGCCAAGCGTTTAGATGCGTGCCAGGATCAGTTGTTAGAACTTTATGAAGAAAACAGTATTGATATA
CACAAACACATTATGCATTGGAAATGCATACGATTGGAAAGTGTATTACTACACAAAGCAAAACAAATGG
GCCTGAGCCACATTGGGCTACAAGTAGTACCACCATTAACTGTGTCAGAGACTAAAGGACATAATGCTAT
TGAAATGCAAATGCATTTAGAATCCTTAGCAAAAACTCAGTATGGTGTGGAACCTTGGACATTACAGGAC
ACCAGTTATGAAATGTGGCTAACACCACCCAAACGGTGCTTTAAAAAACAGGGAAATACTGTGGAGGTAA
AATTTGATGGCTGTGAAGACAATGTAATGGAGTATGTGGTATGGACACATATATACCTGCAGGACAACGA
CTCATGGGTAAAAGTAACTAGTTCCGTAGATGCCAAGGGCATATATTATACATGTGGACAATTTAAAACA
TATTATGTAAATTTTAATAAAGAGGCACAAAAGTATGGTAGTACCAATCATTGGGAAGTATGTTATGGCA
GCACAGTTATATGTTCTCCTGCATCTGTATCTAGCACTGTACGAGAAGTATCCATTGCTGAACCTACTAC
ATACACCCCCGCACAGACCACCGCCCCTACAGTGTCCGCCTGCACCACGGAAGACGGCGTGTCGGCGCCG
CCTAGAAAGCGAGCACGTGGACCGTCCACTAACAACACCCTGTGTGTGGCCAACATTAGATCCGTGGACA
GTACAATCAACAACATCGTCACTGACAATTACAACAAGCACCAAAGAAGGAACAACTGTCACAGTGCAGC
TACGCCTATAGTGCAACTGCAAGGTGATTCCAATTGTTTAAAATGTTTTAGATATCGACTGAATGACAAA
TATAGACATTTGTTTGAATTAGCATCTTCAACGTGGCATTGGGCCTCACCTGAGGCACCACATAAAAATG
CAATTGTAACATTAACCTATAGCAGTGAGGAACAACGTCAGCAATTTTTAAACAGTGTAAAAATACCACC
CACCATTAGGCATAAGGTGGGGTTTATGTCATTACATTTATTGTAACCATTACACCTGTATATATGTATA
TGTGTACATAACATACGTGTATGGAGGTAGTGCCTGTACAAATTGCTGCAGCAACAACTACAACATTGAT
ATTGCCTGTTGTTATTGCATTTGCAGTATGTTTTCTTAGTATTGTACTTATAATATTAATATCTGATTTT
CTAGTATATACATCTGTGCTGGTACTAACACTTCTTTTATATTTGCTTTTGTGGCTTTTATTAACAACCC
CTTTGCAATTCTTTTTACTAACACTGTGTGTGTGCTATTTTCCTGCCTTTTATATACACATATACATTGT
GCAAACGCAACAATAATGGTGATGTTAACCTGTCACTTAAATGATGGTGATACATGGTTGTTTCTGTGGT
TGTTTACTGCATTTGTTGTAGCTGTACTTGGATTGTTGTTACTACATTACAGAGCTGTACATGGTACTGA
AAAAACTAAATGTGCTAAGTGTAAATCAAACCGCAATACTACTGTGGATTATGTGTATATGTCACATGGT
GATAATGGAGATTATGTGTACATGAACTAGAGTAAACCTTTTTTATACAGTGTGTGGTGTACGTTAGTTA
TATATAATGAAACCTAGGGCACGCAGACGTAAACGTGC********************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
************************************************ACCAAAACCAAAAAGTAATATA
TGTGTGTCAGTGTGTTGTGTTATTTATATGTTGTTGTAGTGTGTATATGTTTCTTGTATTGTGTATATGT
GTATATGTTTGTGTATATGTGTATGTTATGTATGTTATGTTGTTATGTATGTTTGTGTGTTTAGTGTGTG
TATATATTTGTGGAATGTGTATGTATGTTTTTGTGCAATAAACAATTATTATGTGTGTTCTGTTACACCC
AGTGACTAAGTTGTGTTT-GCACGCGCCGTTTGTGTTGCCTTCATATTATATTATACATATTTGTAATAT
ACCTATACTATGTTACCCCCCCCCCCACTTGCAACCGTTTTCGGTTGCCCTTACATACACTTACCTCAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGTACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCTTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAAGGTCACACACCTGCAACCGGTTTCGGTTACCCACACCCTACATATTTCCTTCTTATA
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
J11-2
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******************************************************************CAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGTACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCTTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTGGCTTCTAGCTGCACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAA*********************************************************
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
NY11-9
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******************************************************************CAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGCACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCCTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAA*********************************************************
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
NY11-14
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******************************************************************CAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGTACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCTTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACGATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTG-CTTCTAGCCGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAA*********************************************************
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
; Modified by alh on Thu Jun 27 12:31:32 1996
6c
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
********************************************************CTGCAGGACAACGA
CTCATGGGTAAAAGTAACTAGTTCCGTAGATGCCAAGGGCATATATTATACATGTGGACAATTTAAAACA
TATTATGTAAATTTTAATAAAGAGGCACAAAAGTATGGTAGTACCAATCATTGGGAAGTATGTTATGGCA
GCACAGTTATATGTTCTCCTGCATCTGTATCTAGCACTGTACGAGAAGTATCCATTGCTGAACCTACTAC
ATACACCCCCGCACAGACCACCGCCCCTACAGTGTCCGCCTGCACCACGGAAGACGGCGTGTCGGCGCCG
CCTAGAAAGCGAGCACGTGGACCGTCCACTAACAACACCCTGTGTGTGGCCAACATTAGATCCGTGGACA
GTACAATCAACAACATCGTCACTGACAATTACAACAAGCACCAAAGAAGGAACAACTGTCACAGTGCAGC
TACGCCTATAGTGCAACTGCAAGGTGATTCCAATTGTTTAAAATGTTTTAGATATCGACTGAATGACAAA
TATAGACATTTGTTTGAATTAGCATCTTCAACGTGGCATTGGGCCTCACCTGAGGCACCACATAAAAATG
CAATTGTAACATTAACATATAGCAGTGAGGAACAACGTCAGCAATTTTTAAACAGTGTAAAAATACCACC
CACCATTAGGCATAAGGTGGGGTTTATGTCATTACATTTATTGTAACCATTGCACCTGTATATATGTATA
TGTGTACATAACATACGTGTATGGAGGTAGTGCCTGTACAAATTGCTGCAGCAACAACTACAACATTGAT
ATTGCCTGTTGTTATTGCATTTGCAGTATGTATTCTTAGTATTGTACTTATAATATTAATATCTGATTTT
CTAGTATATACATCTGTGCTGGTACTAACACTTCTTTTATATTTGCTTTTGTGGCTTTTATTAACAACCC
CTTTGCAATTCTTTTTACTAACACTGTGTGTGTGCTATTTTCCTGCCTTTTATATACACATATACATTGT
GCAAACGCAACAATAATGGTGATGTTAACCTGTCACTTAAATGATGGTGATACATGGTTGTTTCTGTGGT
TGTTTACTGCATTTGTTGTAGCTGTACTTGGATTGTTGTTACTACATTACAGGGCTGTACATGGTACTGA
AAAAACTAAATGTGCTAAGTGTAAATCAAACCGCAATACTACTGTGGATTATGTGTATATGTCACATGGT
GATAATGGAGATTATGTGTACATGAACTAG****************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
****************************************************************
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
PPH11A
CTTAATAACAATCTTAGTTTAAAAAAGAGGAGGGACCGAAAACGGTTCAACCGAAAACGGTTATATATAA
ACCAGCCCAAAAAATTAGCAGACGAGGCATTATGGAAAGTAAAGATGCCTCCACGTCTGCAA********
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
*************************************TATCGAGGACGGACGTCTGCTCGTACAGGTATA
AAGCGCCCAGCTGTGTCTAAGCCCTCTACAGCCCCCAAACGAAAACGTACCAAAACCAAAAAGTAATATA
TGTGTGTCAGTGTGTTGTGTTATTTATATGTTGTTGTAGTGTGTATATGTTTCTTGTATTGTGTATATGT
GTATATGTTTGTGTATATGTGTATGTTATGTATGTTATGTTGTTATGTATGTTTGTGTGTTTAGTGTGTG
TATATATTTGTGGAATGTGTATGTATGTTTTTGTGCAATAAACAATTATTATGTGTGTCCTGTTACACCC
AGTGACTAAGTTGTGTTTTGCACGCGCCGTTTGTGTTGCCTTCATATTATATTATATATATTTGTAATAT
ACCTATACTATGTTACCCCCCCCC--ACTTGCAACCGTTTTCGGTTGCCCTTACATACACTTACCTCAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGTACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCTTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAAGGTCACACACCTGCAACCGGTTTCGGTTACCCACACCCTACATATTTCCTTCTTATA
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
S11-27
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******************************************************************CAAA
TTTGTTATAACGTGTTTTGTACTAATCCCATATGTTGTGCGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTA---------TCCTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TG---------------TACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGGATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAA*********************************************************
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
G11-30
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******************************************************************CCAA
TTTGTTATAACGTGTTTAGTACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAACAACA
CACCTGCCAAGTACATAT--TGCCCTGCCAACAACACACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TGGGTTGTGTTATCTCCTACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGGTGTGTATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTTTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAA*********************************************************
; generated from temp2
; all codons with gaps or invalid characters removed
; seqs *-padded to longest length
; Modified by adf on Thu May 23 13:03:52 1996
; Written from MASE, from file "hpv11_all-split.mase-nuc"
SN11-1
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
**********************************************************************
******************************************************************CCGA
TTTGTTATAACGTGTTTAGTACTAATCCCATATGTTGTGTGCCAAGGTACATATTGCCCTGCCAA-----
----------GTATATATAATGTCTTGCCAACAAC-CACCTGGCGCCAGGGCGCGGTATTGCATGACTAA
TGGGTTGTGTTATCTCCTACAATAAACCTGTCGGTTTGTACAATGTTGTGTATTGCAGCCAAAGGTTAAA
AGCATTCTTGGCTTCTAGCTGAACATTTTTGTACCCTTAGTATATTATGCACAATACCCACAAAATGAGT
AACCTAA*********************************************************